基础医学实验室包括生理学、药理学、生物化学、微生物学与免疫学等实验分室和大学生科研实验室、显微数码互动、人体解剖学、病理学数码互动实验室，以及人体器官标本陈列室、病理标本室，面向医学院临床医学、护理学和药学专业，承担生理学、药理学、生物化学、医学微生物学、医学免疫学、人体解剖学、局部解剖学、人体解剖与组织胚胎学等实验课程的教学任务。目前实验室占地面积约3000平方米，拥有价值近800万元的教学仪器和设备，主要有：生理信号采集记录系统、变焦体视显微镜、脑立体定位仪、Langendorff离体心脏灌流系统、数显恒温水浴装置、血气电解质分析仪、智能热原仪、高仿虚拟实验教学系统、五人共览显微镜、数码照相显微镜、PCR仪、全波长酶标仪、固定波长酶标仪、核酸蛋白检测仪、紫外-可见分光光度计、低温离心机、低速大容量离心机、水平式离心机、电泳仪、恒温摇床、电子精密天平、超净工作台、MOTIC数码互动显微镜系统、中国数字人解剖系统、全身塑化断层切面标本、人体塑化标本等。这些是基础医学实验教学的重要支撑，在实验教学工作、大学生科研、学科竞赛和毕业论文等方面发挥重要作用。